L’écriture d’un article de recherche à l’aide d’un traitement de texte (e.g., LibreOffice, Word) peut, à première vue, sembler être la solution la plus intuitive et la plus simple. En réalité, elle se révèle inefficace et inutilement chronophage par bien des aspects : - en dissociant les résultats à proprement parler (figures, tables, …) et le code informatique produisant ces résultats, un travail manuel de mise à jour des résultats peut se produire continuellement au cours de l’écriture de l’article ; - la mise en forme et la gestion de la bibliographie sont généralement la source d’une perte de temps conséquente ; - aucune garantie de reproductibilité n’est fournie par le manuscrit en lui-même. À l’opposé, l’écriture d’un article en mode programmation lettrée ([Knuth, 1984](#org326a512)), par exemple avec [Quarto](https://quarto.org/), résout la totalité des difficultés soulevées ci-dessus, et présente encore de nombreux autres avantages. Le manuscrit devient alors un lieu de travail centralisé, incluant le texte principal, le code informatique produisant les résultats, et les résultats eux-mêmes (tables, figures) qui sont générés à chaque compilation du document en exécutant le code informatique correspondant. Le manuscrit, transparent et reproductible, répond alors aux enjeux de la science ouverte. L’auteur, quant à lui, gagne considérablement en efficacité et en confort de travail ([Markowetz, 2015](#org476abf9)). Remarque : cette formation se focalisera sur l’écriture d’un article de recherche, et donc sur l’export PDF de documents rédigés avec Quarto. Quarto permet de concevoir de nombreux autres types de documents (diaporamas, blogs, sites web, …), mais cela ne sera pas abordé en détail dans cette formation.